流行性感冒是一种病毒感染，通常被称为流感。流感病毒属于正黏病毒科的 RNA 病毒，通常被分为甲型 (A) 或乙型 (B) 型，都含有特定的病毒核蛋白 (NP)。其病毒基因组由八个独特的病毒 RNA 片段组成，这些片段与核糖核蛋白复合物中的 NP 相关。病毒结构由脂质包膜和包围核糖核蛋白复合物的基质蛋白层组成。两种蛋白质，即病毒血凝素蛋白 (HA) 和神经氨酸酶 (NA) 蛋白，从脂质包膜向外突出。HA 蛋白是一种介导病毒入侵细胞的蛋白，也是中和感染后抗体以及疫苗抗体的主要抗原成分。
甲型流感病毒可根据 HA 和 NA 蛋白的不同组合情况分为若干亚型。 感染人类的甲型流感病毒通常各具有三种 HA 蛋白 (H1、H2、H3) 和两种 NA 蛋白 (N1、N2) 中的一种。H3N2 和 H1N1 是导致季节性流感的最常见的流感病毒亚型。流感病毒菌株也可通过其分离地区、分离序号和分离年份来识别。例如，于 1934 年在波多黎各获得临床样本的第八个人身上分离出来的 H3N2 甲型流感病毒被命名为 A/PR/8/34 (H3N2)。乙型流感病毒没有亚型，但在乙型流感的两大主要谱系（即 Victoria 谱系和 Yamagata 谱系）下存在许多不同的菌株。
甲型流感病毒可感染多种哺乳动物物种和鸟类，包括可以在全球传播流感病毒菌株的候鸟。某些禽流感病毒（如 H5N1 和 H7N9 病毒）属于高致病性病毒，当其感染人类后，可导致高死亡率。幸运的是，除极少数情况外，这些病毒不会在人与人之间传播。不过，这些病毒也可能发生变异，在人群中快速传播，从而导致高度致命的疾病大流行，因此，公共卫生官员仍需密切关注这一问题。
新的病毒菌株主要由两类现象引起。猪等动物同时感染不同流感病毒，导致病毒基因组混合和病毒 RNA 片段重配，从而产生新的病毒。这种现象被称为抗原转变。此外，流感病毒会迅速变异，导致出现新的病毒抗原。这种现象被称为抗原漂移。这两种现象导致每个季节都有新的流感病毒在传播，并可能在某些年份导致世界范围内的广泛感染（大流行），例如 2009 年新型 H1N1 大流行期间发生的感染。
接种疫苗是保护个体免受流感侵害的主要手段，有助于预防该疾病在人群中传播。肌肉注射的灭活病毒疫苗对健康成人预防流感的有效率高达 70% 至 90% 。鼻内减毒活疫苗 (FluMist) 也对 2 至 49 岁人群有效。经常洗手和避免与感染者密切接触也有助于防止流感传播。一般建议所有人每年都接种一次流感疫苗，而最有可能患上严重疾病或并发症的高危人群每年都应接种此疫苗。这些高危人群包括：
- 6-23 个月的儿童
- 50 岁及以上人士
- 患有慢性心、肺或肾脏疾病、糖尿病、免疫抑制或严重贫血的人
- 居住在养老院或其他慢性病护理机构的人
- 在流感季节怀孕三个月以上的女性
- 长期接受阿司匹林治疗的儿童和青少年（这些人可能在感染流感后患上雷氏综合症）
- 与高危患者一起生活或工作的人
以下个体也应接种疫苗，因为他们最有可能将流感传播给高危人群：
- 医疗保健工作者
- 疗养院和其他慢性病护理机构的员工
既往对疫苗有过敏反应的个体和对鸡蛋过敏的个体要禁用该疫苗美国食品和药品监督管理局最近批准了一种非鸡蛋培养的细胞疫苗 (Flucelvax)。患有急性发热性疾病的个体应在症状消退后再接种疫苗。
临床医生无法仅凭体征和症状准确诊断流感病毒。因为感染呼吸道的病毒有很多种，相关感染症状有很大的重叠性。对从呼吸道采集的标本进行诊断检测是一种很有用的流感诊断方法。实验室还可采用多种方法检测患者呼吸道标本中的流感病毒。
传统上，实验室可使用病毒培养来检测流感病毒，病毒培养技术的改进使得人们可以在 48 至 72 小时内获得检测结果。直接荧光抗体法 (DFA) 可在两到三个小时内检测出病毒，但该方法劳动强度很大，且要求操作人员具有丰富的经验。分子检测法，例如基于逆转录聚合酶链反应 (RT-PCR) 的检测，是最准确的流感病毒检测方法，但价格昂贵，只有那些买得起昂贵设备，有资金聘请训练有素的技术人员的实验室才能采用此类检测方法。快速流感诊断检测，如侧流检测，可在患者护理现场（如医生办公室或急诊室）进行。这些检测可在病程早期和个体就诊期间识别受感染患者。 及早在护理场所进行诊断可对疗效和其他临床管理决策产生积极影响。
如果患者在症状出现后的 48 小时内服用一些抗病毒药物，则可以减轻流感症状的严重程度和持续时间。在护理场所快速、准确地诊断流感可以最大限度地发挥这些抗病毒药物的作用。针对症状的支持性治疗也是重要的治疗手段。严重病例和高危患者则可能需要住院治疗，特别是出现并发症时。
