L’influenza est une infection virale souvent désignée comme la grippe. Les virus grippaux sont des virus à ARN de la famille des Orthomyxoviridae classés comme étant de type A ou de type B, et qui contiennent des nucléoprotéines virales (NP) spécifiques. Le génome viral se compose de huit segments d’ARN viral uniques associés aux NP dans un complexe ribonucléoprotéique. La structure du virus se compose d’une enveloppe lipidique et d’une couche de protéine matricielle qui entoure le complexe ribonucléoprotéique. Deux protéines, l’hémagglutinine virale (HA) et la neuraminidase (NA), se projettent vers l’extérieur de l’enveloppe lipidique. La protéine HA intervient dans la pénétration du virus dans les cellules et est le principal antigène impliqué dans la réponse immunitaire à l’infection ou à la vaccination.
Les virus de la grippe A sont classés en sous-types en fonction de combinaisons de différentes protéines HA et NA. Les souches grippales de type A qui infectent les humains possèdent généralement une des trois protéines HA (H1, H2, H3) et une des deux protéines NA (N1, N2). Les virus H3N2 et H1N1 sont les sous-types de virus grippaux les plus courants qui causent la grippe saisonnière. Les souches du virus de la grippe sont également identifiées en fonction de l’endroit où elles ont été isolées, du nombre d’isolats et de l’année d’isolement. Par exemple, un virus de la grippe H3N2 de type A isolé à partir du huitième individu sur lequel un échantillon clinique a été prélevé à Porto Rico en 1934 est désigné A/PR/8/34 (H3N2). Il n’y a pas de sous-types de virus de la grippe B, mais de nombreuses souches différentes existent, sous deux lignées primaires de la grippe B, les lignées Victoria et Yamagata.
Les virus de la grippe A infectent de nombreuses espèces de mammifères et d’oiseaux, y compris les oiseaux migrateurs qui peuvent propager des souches de grippe à travers le monde. Certains virus de la grippe aviaire, comme les virus H5N1 et H7N9, sont hautement pathogènes et sont associés à une mortalité élevée lorsqu’ils infectent les humains. Heureusement, ces virus, sauf dans de rares cas, ne peuvent pas être transmis d’humain à humain. La possibilité que ces virus mutent et acquièrent la capacité d’être transmis efficacement entre les humains et provoquent une pandémie hautement mortelle demeure une préoccupation sérieuse pour les responsables de la santé publique.
Les nouvelles souches virales proviennent de deux types d’événements. La co-infection à différents virus de la grippe chez des animaux comme les porcs peut permettre le mélange de génomes viraux et le réassortiment de segments d’ARN viral, créant ainsi de nouveaux virus. Ce phénomène est appelé cassure antigénique. De plus, les virus de la grippe mutent rapidement, provoquant l’apparition de nouveaux antigènes viraux. C’est ce qu’on appelle le glissement antigénique. Ces deux phénomènes font circuler de nouveaux virus grippaux chaque saison et peuvent, certaines années, mener à des infections généralisées dans le monde entier (pandémies), comme ce qui s’est produit lors de la nouvelle pandémie de grippe H1N1 de 2009.
